Desde el inicio, y a lo largo de su historia, el colegio ha contado con el pastoreo de los señores obispos, monseñores Pedro María Rodríguez Andrade, Arturo Duque Villegas, Rubén Isaza Restrepo, José Joaquín Flores Hernández, Juan Francisco Sarasti Jaramillo, Flavio Calle Zapata y Orlando Roa Barbosa, nuestro actual arzobispo. Además, es de recordar la presencia de idóneos rectores que han sabido guiar los rumbos de la institución con la misión evangelizadora recibida de Cristo Maestro. Han pasado por la dirección de la institución los padres Benjamín Galindo, Marcos Lombo Bonilla, Germán Guzmán Campos, Pedro María Idrobo, José de Jesús Fernández, Juan de la Cruz Bernal, Libardo Jaramillo, Luis Armando Mejía, Augusto Eblin Osorio, Hernán Gallo Gallo, Antonio María Muñoz, Oscar Rebellón Rebellón, Julio Cesar Fuentes Moreno, Arnulfo Pinilla Gaviria, Miguel Alexis Saavedra Arias, Alfonso Bonilla Aristizábal, Luis Fernando Aguirre Hurtado y el magister José Conrado Gómez Gómez. Actualmente, el colegio es dirigido por Monseñor Gustavo Vásquez Montoya.

En los años sesenta y setenta se producen importantes cambios en el mundo secularizado. También en la Iglesia Católica, a partir de las directrices emanadas del Concilio Vaticano II. En esta época, durante la administración del padre Oscar Rebellón Rebellón, el Colegio Tolimense vivió una etapa dorada en el ámbito social, cultural, deportivo, de emprendimiento y en las actividades pedagógicas de la institución, labor reconocida por las esferas sociales, políticas y eclesiales de la ciudad musical. En 1984, se celebró con gran pompa y regocijo las Bodas de Oro del colegio, con gran participación de la ciudadanía ibaguereña que reconoció el aporte de formar jóvenes dignos para la sociedad.

En el año 2002 retoma la rectoría del colegio un sacerdote diocesano. Ahora es el presbítero Arnulfo Pinilla Gaviria, quien asume esta misión. El padre Arnulfo apunta nuevamente hacia la pedagogía y administración eclesiásticas inherentes a la filosofía de orientación católica. También realiza algunas obras de adecuación de la planta física, especialmente la construcción del Castillo del Saber para los niños de preescolar.

El presbítero Miguel Alexis Saavedra Arias fue nombrado rector en el año 2006 y ejerció sus funciones hasta el 2011. Tuvo en su mente el crecimiento espiritual de toda la comunidad tolimensista, el empeño por hacer un colegio en pastoral, el embellecimiento constante de la planta física y la preocupación por mejorar día a día el nivel académico, buscando permanecer en el nivel muy superior de las Pruebas Saber Grado 11°. El padre Miguel Alexis implementó por primera vez en el colegio el Sistema de Gestión de la Calidad, logrando la certificación en la norma NTC ISO 9001:2000. Desde entonces el Colegio Tolimense es una institución que ha mantenido sus procesos en calidad, recertificándose en los años 2011 y 2014 en la norma NTC ISO 9001:2008; y en los años 2017 y 2020 en la norma NTC ISO 9001:2015. El sistema tiene como alcance el diseño y prestación del servicio educativo formal en los niveles de Preescolar, Básica Primaria, Básica Secundaria y Media.

En diciembre de 2020 fue nombrado rector del colegio el presbítero Luis Fernando Aguirre Hurtado. El padre Aguirre trabajó en pro de la institución desde varios frentes: En la pastoral, buscando que el evangelio y la espiritualidad católica impregnen transversalmente el pensamiento y la práctica diaria de toda la comunidad educativa. En la pedagogía, impulsando los procesos académicos que conduzcan a la excelencia educativa a través de la reestructuración del PEI, de la redefinición del enfoque metodológico y de una capacitación docente continuada y pertinente. En la convivencia, construyendo unas fuertes y positivas relaciones con los papás, de modo que la familia y la escuela trabajen de la mano en la formación de los estudiantes e, igualmente, buscando entre los estudiantes que manifiesten los valores institucionales y su carácter de Caballeros y Damas Tolimensistas en su vida diaria.

Este año fue nombrado rector en propiedad Monseñor Gustavo Vásquez Montoya, quien había sido en dos ocasiones rector encargado del colegio y quien formó parte de diversos organismos de la institución. En palabras del Señor Arzobispo al comunicarle su nombramiento a la comunidad educativa, su cometido es impulsar aún más la dimensión académica del colegio y continuar con la labor de evangelizar a todos sus miembros, formando auténticos “Hijos de la Luz” para Dios, la Iglesia y la sociedad.